1部･2部入替え戦が宮城県・鹿島台中央野球場にて行われました。 1部の岩手大学が、2部優勝の山形大学医学部に2勝1敗で、1部残留となりました。
期日：平成19年6月2日(土)・3日(日)
場所：宮城県・鹿島台中央野球場
◇入替え戦
第1戦
山形大 100 000 000 1
岩手大 001 300 00x 4
※岩手大1勝
第2戦
岩手大 000 030 0 3
山形大 010 071 x 10(7回コールド)
※山形大1勝1敗
第3戦
岩手大 000 542 0 11
山形大 200 000 1 3(7回コールド)
※岩手大2勝1敗で1部残留